使用全自动移液工作站首先是确定实验流程中的所有步骤：从初始样品分离到后的数据生成，这也包括所有的实验前准备，如缓冲液和反应混合物的制备。接下来是确定实验能允许多大的误差从而对于产生好的数据没有明显的影响。
有些应用和步骤对于实验过程中的误差相比于其他步骤要更敏感，例如所有包含扩增的实验，如qPCR，对于误差就可能非常敏感，而简单的缓冲液制备步骤就不会。
移液工作站（移液器）和吸头的选择欠佳以及不正确的移液技术都可能是实验误差的主要来源，如任何需要通过标准品连续稀释制作标准曲线的实验都可能会受到欠佳的移液系统的影响。在选择*自动移液工作站的量程和类型后，接下来就是确定实验中的吸头是否正确。
吸头一般是由聚丙烯制成的，尽管具有惰性但聚丙烯潜在的因素仍应该考虑。不同的聚丙烯材料决定了生产过程的一些特定要求，而且生产过程中其他添加物也会影响制作流程。其中一些添加剂可能从吸头中浸出并影响实验结果。
为了克服这一问题，建议购买没有溶出物的吸头，确保供应商提供所有溶出物和污染物敏感性检测的书面证据。污染物包括DNA和热源，如果制造和包装过程不是在洁净室环境下进行的，那么这些污染物就很有可能存在。有很多耗材成型和包装设施设备并没有得到很好的控制。
